科研进展

我中心在《Nucleic Acids Research》合作发表细胞谱系多组学数据库建设成果

2022-11-08 21:18 | 放大 缩小 |

  围绕细胞谱系形成和转化在哺乳动物全生命周期中经历的复杂转录和表观遗传改变,中国科学院计算机网络信息中心大数据部与中科院动物所、北京干细胞与再生医学研究院、中科院北京基因组所、首都医科大学宣武医院国家老年疾病临床研究中心等机构合作,建立了组学、细胞谱系全景数据库——Lineage Landscape。相关成果以“Lineage Landscape: a comprehensive database that records lineage commitment across specie”为题于202210月在Nucleic Acids Research杂志发表。大数据部王容昊、黄道然为共同第一作者,周园春研究员为共同通讯作者。

  该研究建立的谱系全景数据库——Lineage Landscape从转录组、单细胞转录组、表观基因组等不同层面的数据集,捕捉了人类和经典模式生物等10余个物种从胚胎、胎儿、成人到老年阶段细胞谱系的变化,实现了不同条件下基因表达改变的汇聚融合。

  大数据部研究团队面向大规模多组学知识库构建需求,研发了组学知识库构建框架,实现了细胞谱系不同层次、不同时期的多维组学数据的多源持续汇聚和整合,以及千万级以上基因条目信息的定制化查询和高效分析,支持用户便捷地访问并查询兴趣基因在不同物种、不同发育阶段的变化,为相关研究领域提供宝贵的资源。

  该研究得到了中科院先导专项、中科院网信专项等项目的资助。

  论文链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkac951。数据库链接:http://data.iscr.ac.cn/lineage/#/home

1Nucleic Acids Research》在线论文

2 Lineage Landscape数据库

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