作为项目首席，先后承担了国家重点研发项目《国家食源性致病微生物全基因组数据库及溯源网络》、中国科学院战略生物资源计划信息中心建设、中国科学院重大国际合作培育项目《模式微生物基因组测序、数据挖掘及功能解析全球合作计划》，主持51个国家150个机构参加的微生物资源领域全球数据合作和全球万种微生物模式菌株测序计划，主持制定国际微生物领域第一个ISO级别的数据标准。

相关成果发表在核酸研究、Giga Science等国际学术期刊，曾获2020世界互联网大会《世界互联网领先科技成果》。