超级计算中心运行与应用服务室（简称超算运行服务室）负责超算中心整体运行和管理；保障超级计算系统的稳定、高效运行；以促进重大科研成果产出为目标，挖掘、建立与应用单位、领域科学家的密切合作，推动形成典型应用示范。联合高性能计算部、人工智能发展部、交互式发展部，对具有重大科研成果产出潜质的典型应用和重大科技或工程项目等提供深入的技术支持与服务，争取项目合作，推动超算业务发展。
围绕超级计算系统运行与应用服务开展核心技术攻关，保障超级计算系统高效稳定运行，研究自动化运维工具，不断提升系统运行和服务能力；支撑超算系统生态建设，开展异构并行优化技术、统一编程框架、重点领域并行算法和支撑软件研发；推动超算业务发展，挖掘重点用户进行深入支持和项目合作，拓展和培育示范应用，促进重大应用成果产出。